L’Assemblée Plénière est l'instance suprême de la CENC. Elle a pouvoir de légiférer conformément au Code de Droit de l'Église (Cf. 455, §§ 1 et 2).
Le Conseil permanent est une émanation représentative de l'Assemblée Plénière dont il détient et exerce les pouvoirs pendant les intercessions.
Organes de travail, les Commissions Épiscopales Nationales s'efforcent de formuler les orientations pastorales de l'Église au Cameroun